Институт за заштиту биља и животну средину има визију да управљањем постојећим потенцијалима, као и кроз креирање и развој нових, створи јасну политику развоја с тенденцијом достизања и одрживости научноистраживачке изврсности и стратешког усмеравања пословања ка постизању успеха. Институт планира да задржи статус акредитоване НИО која обавља научноистраживачку делатност ради остваривања општег инстереса, али и да подигне капацитете и стекне статус научног института и својеврсног образовног центра од значаја за високо образовање, послове од јавног значаја, као и за привредни сектор.
Научноистраживачка делатност Института ће бити фокусирана на изврсност и релевантност научноистраживачких резултата са јасно израженим акцентом на стварању квалитетаног истраживачко-наставног кадра и конкурентности истраживања за иновације. Научноистраживачка делатност биће усмерена на конкретне проблеме у пољопоривреди који имају апликативни значај. Приоритетне области истраживања су фокусиране на унапређење методологије идентификације и праћења економски значајних биљних патогена, штеточина и корова; сагледавање последица интензивне пољопривредне производње на појаву резистентности штетних организама на хемијске препарате; дефинисање методологије одрживе производње употребом биолошких препарата; развијање концепта интегралне заштите биљних култура у оквирима традиционалне, али и органске пољопривредне производње. У образовном смислу,
Институт има визију да буде продужена рука Универзитета у Београду, могућно је и другим градовима, у смислу да се омогући истраживачима које карактерише научна изврсност и висока цитираност, да буду сарадници у настави у високошколским установама на основним и/или докторским студијама. Затим да се практична настава из одређених предмета реализује у лабораторијама Института, да се омогући извођење мастер радова и докторских дисертација, да се организују сајмови науке, радионице и др. активности које се тичу трансфера знања и едукације младих истраживача. Визија је да Институт заједно са високошколским установама плански учествује у креирању одређених профила младих истраживача од општег интереса из области пољопривреде. Кад је у питању јавни сектор, Институт планира да задржи имиџ поузданог партнера на тржишту услуга дијагностике у биљној производњи и промету, првенствено код Министарства пољопривреде, шумарства и водопривреде, пољопривредних стручних и саветодавних служби, фитосанитарних служби и пољопривредних произвођача, извозника и увозника. У складу са Законом о здрављу биља, Законом о средствима за заштиту биља и Законом о средствима за исхрану биља и о оплемењивачима земљишта, Институт планира да конкурише и обнови тренутно постојећа овлашћења издата од стране Управе за заштиту биља за обављање послова здравственог прегледа биља на присуство штетних организама (инсекти, фитоплазме, нематоде, бактерије, гљиве, вируси); испитивања физичко-хемијских својстава пестицида и ђубрива у сврху издавања дозволе за пуштање у промет у Републици Србији; биолошка испитивања пестицида у сврху издавања дозволе за пуштање у промет у Републици Србији; послове процене активних супстанци средстава за заштиту биља, односно основних супстанци у поступку регистрације средстава за заштиту биља; испитивање биолошке хранљиве вредности ђубрива у сврху њихове регистрације.
Институт ће радити на успостављању сарадње са Министарством за заштиту животне средине у складу са Законом о заштити животне средине. Могућности постоје да се убрзаним успостављањем стратешких циљева, бољом организацијом и јачањем истраживачке инфраструкутуре формирају оперативни тимови који ће одговорити на економске и друштвене изазове који су дефинисани као приоритетни из области заштите животне средине. Прилике су препознате и у потенцијалу Института у креирању и трансферу конкурентних знања и технологије из области пољопривреде. У оквиру приоритених области где се указују прилике је производња хране за будућност. Институт би могао размотрити могућност формирања центра изузетних вредности из научних области које процени као стратешки важне за привреду и друштво, а за које постоји компетентно истраживачко особље, одговарајућа опрема и методологија. Центри изузетних вредности могу постати стратешки партнери, у виду научне и техничке подршке републичким, регионалним и органима локалних самоуправа у решавању горућих проблема од општег интереса из области заштите здравља биља и животне средине, у својству саветодавног или извршног тела.