Научноистраживачка делатност Института за заштиту биља и животну средину ће и даље бити усмерена на интердисциплинарна и мултидисциплинарна истраживања у циљу конкурентног приступа конкурсима за пројекте у оквиру програма Фонда за науку који су дефинисани на основу стратегије научног и технолошког развоја Републике Србије, паметне специјализације и осталих секторских стратегија релевантних за развој друштва. Потенцијал Института ће бити усмерен ка спровођењу истраживања у циљу унапређивања знања и иновација у оквиру области хране за будућност – високо технолошка производња. У оквиру приоритетних области биће и заштита животне средине и екологија са подизањем квалитета истраживања и трансфера знања и технологије. У циљу диверзификације тема и приступа у истраживањима, као и трансферу знања и едукацији младих истраживача, Институт је усмерен ка одржавању и унапређењу постојећих сарадњи са високошколским установама и другим институтима у земљи и свету и подстицању успостављања нових.
Активност истраживача ће бити усмерена ка интензивирању научног повезивања са међународним лабораторијама, истраживачким групама и приватним сектором ради формирања пројектних конзорцијума у циљу припремања и реализације истраживачко-развојних пројеката финансираних из различитих националних и међународних фондова. Такође, активност Института ће бити усмерена и ка развијању капацитета за акредитацију центара изврсности у оквиру организационих целина Института који остварују врхунске и међународно признате научне резултате и који имају развијену међународну научну сарадњу. Институт ће наставити с покренутом иницијативом придруживања Универзитету у Београду, са циљем стратешког позиционирања и креирања могућности за алтернативне изворе финансирања научноистраживачке делатности која ће допринети унапређењу научноистраживачких капацитета и утицајности Института у домаћој и међународној научној мрежи.
С друге стране, тренутно ангажовање појединих истраживача као гостујућих или акредитованих предавача на докторским студијама Биолошког факултета Универзитета у Београду и одржавања практичне наставе за предмет Молекуларна систематика, може прерасти у могућност укључивања целог Института, кадровски и опремом, у извођење наставе или практичних вежби за студенте докторских студија. Институт ће наставити да кроз подстицање креативности и иновативности константно подиже квалитет научних истраживања. У том процесу планира се да Институт даље јача научноистраживачке капацитете пројектним ангажовањем перспективног истраживачког подмлатка, улагањем у опрему и инфраструктуру, као и континуираном едукацијом истраживача како би осигурао позицију водеће институције у области заштите здравља биља и заштите животне средине. Изворе капиталних инвестиција Институт ће на првом месту тражити кроз конкурисање за националне пројекте Фонда за науку и Фонда за иновациону делатност, програме Министарства пољопривреде, шумарства и водопривреде и Министарства за заштиту животне средине, као и међународне пројекте и донације. Сарадња у области иновација и трансфера знања са привредним субјектима у Србији и заједничко конкурисање на пројекте Фонда за иновациону делатност успоставиће сарадњу која може створити прилике у којима ће привредни субјекти инвестирати у опрему или усавршавања истраживача, или кроз сувласништво у интелектуалној својини и патентима које ће остварити профит и омогућити акумулацију средстава за капиталне инвестиције.
Програм рада и развоја Института почива на унапређењу и преношењу знања и технологија због чега су млади истраживачи, докторанди и стипендисти, од изузетног значаја за развој Института. Примарно ангажовање младих истраживача биће засновано на програмима од општег интереса у складу са Законом о науци и истраживањима, као што су програм подстицања и стипендирања младих и надарених за научноистраживачки рад; програм усавршавања кадрова за научноистраживачки рад; програм пројектног финансирања докторских академских студија и кроз програме Фонда за науку Републике Србије. Унапред јасно дефинисана истраживања омогућиће усмерену обуку младих истраживача за области од општег интереса за привреду и друштво.