Institut za zaštitu bilja i životnu sredinu ima viziju da upravljanjem postojećim potencijalima, kao i kroz kreiranje i razvoj novih, stvori jasnu politiku razvoja s tendencijom dostizanja i održivosti naučnoistraživačke izvrsnosti i strateškog usmeravanja poslovanja ka postizanju uspeha. Institut planira da zadrži status akreditovane NIO koja obavlja naučnoistraživačku delatnost radi ostvarivanja opšteg insteresa, ali i da podigne kapacitete i stekne status naučnog instituta i svojevrsnog obrazovnog centra od značaja za visoko obrazovanje, poslove od javnog značaja, kao i za privredni sektor.
Naučnoistraživačka delatnost Instituta će biti fokusirana na izvrsnost i relevantnost naučnoistraživačkih rezultata sa jasno izraženim akcentom na stvaranju kvalitetnog istraživačko-nastavnog kadra i konkurentnosti istraživanja za inovacije. Naučnoistraživačka delatnost biće usmerena na konkretne probleme u poljoporivredi koji imaju aplikativni značaj. Prioritetne oblasti istraživanja su fokusirane na unapređenje metodologije identifikacije i praćenja ekonomski značajnih biljnih patogena, štetočina i korova; sagledavanje posledica intenzivne poljoprivredne proizvodnje na pojavu rezistentnosti štetnih organizama na hemijske preparate; definisanje metodologije održive proizvodnje upotrebom bioloških preparata; razvijanje koncepta integralne zaštite biljnih kultura u okvirima tradicionalne, ali i organske poljoprivredne proizvodnje. U obrazovnom smislu, Institut ima viziju da bude produžena ruka Univerziteta u Beogradu, mogućno je i drugim gradovima, u smislu da se omogući istraživačima koje karakteriše naučna izvrsnost i visoka citiranost, da budu saradnici u nastavi u visokoškolskim ustanovama na osnovnim i/ili doktorskim studijama. Zatim da se praktična nastava iz određenih predmeta realizuje u laboratorijama Instituta, da se omogući izvođenje master radova i doktorskih disertacija, da se organizuju sajmovi nauke, radionice i dr. aktivnosti koje se tiču transfera znanja i edukacije mladih istraživača.
Vizija je da Institut zajedno sa visokoškolskim ustanovama planski učestvuje u kreiranju određenih profila mladih istraživača od opšteg interesa iz oblasti poljoprivrede. Кad je u pitanju javni sektor, Institut planira da zadrži imidž pouzdanog partnera na tržištu usluga dijagnostike u biljnoj proizvodnji i prometu, prvenstveno kod Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodoprivrede, poljoprivrednih stručnih i savetodavnih službi, fitosanitarnih službi i poljoprivrednih proizvođača, izvoznika i uvoznika. U skladu sa Zakonom o zdravlju bilja, Zakonom o sredstvima za zaštitu bilja i Zakonom o sredstvima za ishranu bilja i o oplemenjivačima zemljišta, Institut planira da konkuriše i obnovi trenutno postojeća ovlašćenja izdata od strane Uprave za zaštitu bilja za obavljanje poslova zdravstvenog pregleda bilja na prisustvo štetnih organizama (insekti, fitoplazme, nematode, bakterije, gljive, virusi); ispitivanja fizičko-hemijskih svojstava pesticida i đubriva u svrhu izdavanja dozvole za puštanje u promet u Republici Srbiji; biološka ispitivanja pesticida u svrhu izdavanja dozvole za puštanje u promet u Republici Srbiji; poslove procene aktivnih supstanci sredstava za zaštitu bilja, odnosno osnovnih supstanci u postupku registracije sredstava za zaštitu bilja; ispitivanje biološke hranljive vrednosti đubriva u svrhu njihove registracije.
Institut će raditi na uspostavljanju saradnje sa Ministarstvom za zaštitu životne sredine u skladu sa Zakonom o zaštiti životne sredine. Mogućnosti postoje da se ubrzanim uspostavljanjem strateških ciljeva, boljom organizacijom i jačanjem istraživačke infrastrukuture formiraju operativni timovi koji će odgovoriti na ekonomske i društvene izazove koji su definisani kao prioritetni iz oblasti zaštite životne sredine. Prilike su prepoznate i u potencijalu Instituta u kreiranju i transferu konkurentnih znanja i tehnologije iz oblasti poljoprivrede. U okviru prioritenih oblasti gde se ukazuju prilike je proizvodnja hrane za budućnost. Institut bi mogao razmotriti mogućnost formiranja centra izuzetnih vrednosti iz naučnih oblasti koje proceni kao strateški važne za privredu i društvo, a za koje postoji kompetentno istraživačko osoblje, odgovarajuća oprema i metodologija. Centri izuzetnih vrednosti mogu postati strateški partneri, u vidu naučne i tehničke podrške republičkim, regionalnim i organima lokalnih samouprava u rešavanju gorućih problema od opšteg interesa iz oblasti zaštite zdravlja bilja i životne sredine, u svojstvu savetodavnog ili izvršnog tela.