Naučnoistraživačka delatnost Instituta za zaštitu bilja i životnu sredinu će i dalje biti usmerena na interdisciplinarna i multidisciplinarna istraživanja u cilju konkurentnog pristupa konkursima za projekte u okviru programa Fonda za nauku koji su definisani na osnovu strategije naučnog i tehnološkog razvoja Republike Srbije, pametne specijalizacije i ostalih sektorskih strategija relevantnih za razvoj društva. Potencijal Instituta će biti usmeren ka sprovođenju istraživanja u cilju unapređivanja znanja i inovacija u okviru oblasti hrane za budućnost – visoko tehnološka proizvodnja. U okviru prioritetnih oblasti biće i zaštita životne sredine i ekologija sa podizanjem kvaliteta istraživanja i transfera znanja i tehnologije. U cilju diverzifikacije tema i pristupa u istraživanjima, kao i transferu znanja i edukaciji mladih istraživača, Institut je usmeren ka održavanju i unapređenju postojećih saradnji sa visokoškolskim ustanovama i drugim institutima u zemlji i svetu i podsticanju uspostavljanja novih.
Aktivnost istraživača će biti usmerena ka intenziviranju naučnog povezivanja sa međunarodnim laboratorijama, istraživačkim grupama i privatnim sektorom radi formiranja projektnih konzorcijuma u cilju pripremanja i realizacije istraživačko-razvojnih projekata finansiranih iz različitih nacionalnih i međunarodnih fondova. Takođe, aktivnost Instituta će biti usmerena i ka razvijanju kapaciteta za akreditaciju centara izvrsnosti u okviru organizacionih celina Instituta koji ostvaruju vrhunske i međunarodno priznate naučne rezultate i koji imaju razvijenu međunarodnu naučnu saradnju. Institut će nastaviti s pokrenutom inicijativom pridruživanja Univerzitetu u Beogradu, sa ciljem strateškog pozicioniranja i kreiranja mogućnosti za alternativne izvore finansiranja naučnoistraživačke delatnosti koja će doprineti unapređenju naučnoistraživačkih kapaciteta i uticajnosti Instituta u domaćoj i međunarodnoj naučnoj mreži.
S druge strane, trenutno angažovanje pojedinih istraživača kao gostujućih ili akreditovanih predavača na doktorskim studijama Biološkog fakulteta Univerziteta u Beogradu i održavanja praktične nastave za predmet Molekularna sistematika, može prerasti u mogućnost uključivanja celog Instituta, kadrovski i opremom, u izvođenje nastave ili praktičnih vežbi za studente doktorskih studija. Institut će nastaviti da kroz podsticanje kreativnosti i inovativnosti konstantno podiže kvalitet naučnih istraživanja. U tom procesu planira se da Institut dalje jača naučnoistraživačke kapacitete projektnim angažovanjem perspektivnog istraživačkog podmlatka, ulaganjem u opremu i infrastrukturu, kao i kontinuiranom edukacijom istraživača kako bi osigurao poziciju vodeće institucije u oblasti zaštite zdravlja bilja i zaštite životne sredine. Izvore kapitalnih investicija Institut će na prvom mestu tražiti kroz konkurisanje za nacionalne projekte Fonda za nauku i Fonda za inovacionu delatnost, programe Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodoprivrede i Ministarstva za zaštitu životne sredine, kao i međunarodne projekte i donacije. Saradnja u oblasti inovacija i transfera znanja sa privrednim subjektima u Srbiji i zajedničko konkurisanje na projekte Fonda za inovacionu delatnost uspostaviće saradnju koja može stvoriti prilike u kojima će privredni subjekti investirati u opremu ili usavršavanja istraživača, ili kroz suvlasništvo u intelektualnoj svojini i patentima koje će ostvariti profit i omogućiti akumulaciju sredstava za kapitalne investicije.
Program rada i razvoja Instituta počiva na unapređenju i prenošenju znanja i tehnologija zbog čega su mladi istraživači, doktorandi i stipendisti, od izuzetnog značaja za razvoj Instituta. Primarno angažovanje mladih istraživača biće zasnovano na programima od opšteg interesa u skladu sa Zakonom o nauci i istraživanjima, kao što su program podsticanja i stipendiranja mladih i nadarenih za naučnoistraživački rad; program usavršavanja kadrova za naučnoistraživački rad; program projektnog finansiranja doktorskih akademskih studija i kroz programe Fonda za nauku Republike Srbije. Unapred jasno definisana istraživanja omogućiće usmerenu obuku mladih istraživača za oblasti od opšteg interesa za privredu i društvo.